防止凝膠破裂：高電場強度下，凝膠內部會產生較大的應力，容易導致凝膠破裂。因此，要確保凝膠的制備質量，凝膠濃度均勻、凝固充分；同時，在電泳過程中要避免電泳槽受到震動或碰撞。

避免電極腐蝕：高電場強度可能會加速電極的腐蝕，尤其是在長時間電泳或使用高離子強度緩沖液時。應選擇質量好、耐腐蝕的電極，如鉑電極；定期檢查電極的狀況，如有腐蝕及時更換；并且在電泳結束后，及時清洗電極，去除表面的電解質和雜質。

注意安全：高電場強度電泳使用的電壓較高，存在觸電風險。操作時要確保電泳設備接地良好，使用絕緣手套和護目鏡等防護裝備；在電泳過程中，不要觸摸電泳槽和電極，避免發生觸電事故。

考慮核酸分子的構象變化：高電場強度可能會使核酸分子的構象發生變化，從而影響其遷移行為。對于一些特殊結構的核酸分子，如超螺旋 DNA 或具有復雜二級結構的 RNA，可能需要在緩沖液中加入適量的輔助試劑，如尿素、甲酰胺等，以幫助維持核酸分子的天然構象，保證電泳結果的準確性。

防止樣品擴散：高電場強度下，樣品在凝膠中的擴散速度可能會加快，導致條帶變寬，分辨率下降。可通過在樣品中加入適量的蔗糖或甘油等密度試劑，增加樣品的密度，減少擴散；同時，盡量縮短電泳時間，也有助于降低樣品的擴散程度。

準確選擇 Marker：由于高電場強度下核酸分子的遷移速度可能與常規條件不同，需要選擇合適的分子量 Marker 作為參照。最好選擇在高電場強度下遷移行為穩定、條帶清晰的 Marker，以便準確判斷核酸分子的大小和遷移情況。

確保設備穩定：電泳設備的穩定性對高電場強度電泳至關重要。使用前要檢查設備的電源、電極連接等是否正常，避免在電泳過程中出現電壓波動或設備故障，影響實驗結果。