凝膠類型：根據核酸或蛋白質的特性選擇合適的凝膠類型。例如，瓊脂糖凝膠適用于分離較大的核酸分子，而聚丙烯酰胺凝膠則更適合分離較小的核酸片段或蛋白質，其分辨率更高。

凝膠濃度：凝膠濃度影響分子的遷移速度和分離效果。對于核酸電泳，分離大片段 DNA 時可選用低濃度瓊脂糖凝膠（如 0.8% - 1.0%），而分離小片段 DNA 或 RNA 時則需要較高濃度的凝膠（如 1.5% - 3.0%）。對于蛋白質電泳，常用的聚丙烯酰胺凝膠濃度在 7.5% - 15% 之間，具體濃度取決于蛋白質的分子量大小。

緩沖液種類：不同的緩沖液具有不同的 pH 值和離子強度，會影響生物大分子的電荷狀態和遷移速度。例如，Tris - HCl 緩沖液常用于蛋白質電泳，而 TBE 或 TAE 緩沖液則廣泛應用于核酸電泳。TBE 緩沖液的緩沖能力較強，能更好地維持 pH 穩定，但成本相對較高；TAE 緩沖液的導電性較好，適用于快速電泳，但緩沖能力稍弱。

離子強度：緩沖液的離子強度要適中。離子強度過高會導致電流過大，產生過多熱量，甚至引起凝膠熔化；離子強度過低則會使電泳速度變慢，分離效果不佳。一般來說，核酸電泳中 TBE 或 TAE 緩沖液的工作濃度在 0.5× - 1× 之間，蛋白質電泳中常用的 Tris - HCl 緩沖液離子強度在 25 - 50 mmol/L 之間。

確定最佳電壓范圍：在高電場強度電泳中，雖然較高的電壓可以縮短電泳時間，但過高的電壓會產生大量熱量，導致樣品擴散、凝膠變形等問題。因此，需要通過預實驗確定最佳的電壓范圍。一般來說，對于核酸電泳，電場強度可在 10 - 20 V/cm 之間進行嘗試；對于蛋白質電泳，電場強度通常在 15 - 30 V/cm 之間。

采用恒壓或恒流模式：根據實驗需求選擇合適的電泳模式。恒壓模式下，電壓保持恒定，隨著電泳的進行，電流會逐漸減小，適用于分離不同大小的生物大分子混合物；恒流模式下，電流保持不變，電壓會隨著電阻的變化而變化，適用于對電泳時間要求較為嚴格的實驗。

樣品濃度：樣品濃度過高會導致條帶拖尾或重疊，影響分離效果；樣品濃度過低則可能使條帶過于微弱，難以檢測。一般來說，核酸樣品的濃度在 50 - 500 ng/μL 之間較為合適，蛋白質樣品的濃度在 0.5 - 5 mg/mL 之間。

樣品緩沖液：在樣品中加入適量的樣品緩沖液，其作用是增加樣品的密度，使樣品能夠沉入加樣孔底部，同時還能提供一定的緩沖能力和顏色指示。樣品緩沖液中通常含有甘油、蔗糖等密度試劑，以及溴酚藍、二甲苯青等指示劑。

使用冷卻裝置：如前文所述，高電場強度電泳會產生大量熱量，因此需要使用帶有冷卻裝置的電泳槽，通過循環冷卻水或內置制冷系統控制電泳槽內的溫度。一般將溫度設定在 15 - 25℃，以減少熱效應的影響。

避免長時間電泳：在保證分離效果的前提下，盡量縮短電泳時間，減少熱量的積累。可通過優化其他實驗條件，如提高凝膠濃度、調整緩沖液離子強度等，來加快生物大分子的遷移速度，從而縮短電泳時間。

預實驗確定時間：不同的生物大分子在不同的凝膠和電場條件下，所需的電泳時間不同。通過預實驗，觀察樣品在凝膠中的遷移情況，確定最佳的電泳時間。一般來說，核酸電泳時間在 30 分鐘至數小時不等，蛋白質電泳時間在 1 - 3 小時左右。

實時監測：在電泳過程中，可以通過觀察指示劑的遷移位置來判斷電泳的進度。當指示劑遷移到合適的位置時，即可停止電泳。例如，在核酸電泳中，溴酚藍通常遷移到凝膠的 2/3 處或接近底部時，電泳結束；在蛋白質電泳中，二甲苯青遷移到凝膠底部附近時，可停止電泳。